Banco do Brasil

Windows tem uma opção: Windows
Linux tem mais de Distros ou pacotes de distribuição

Windows é alvo de mais de 100.000 vírus e parasitas virtuais
Linux é praticamente imune à vírus

Windows tem muitos acordos com fabricantes de hardwares, e, portanto, usa drivers binários proprietários que dão bom suporte à multimedia e jogos gráficos 3D
Linux desenvolve seus drivers de forma livre e com código fonte (compiláveis) via engenharia reversa ou com base nas informações que são disponibilizadas por fabricantes que apóiam o software livre, que ainda são em número inferior aos parceiros de código fechado do Windows.

Windows requer hardware topo de linha
Linux funciona desde computadores Pentium-100 até os modernos Quad-Cores ou ainda Clusters de Supercomputadores

Windows é menos usado em servidores e mais usado em desktops
Linux é mais usado em servidores e menos usado em desktops

Windows exige mais reboots e reformatações devido à instalação de novos programas e à instabilidades do sistema e aquelas induzidas por vírus.
Linux foi projetado para não necessitar de reboot (quando instala um programa não precisa reiniciar a máquina) e muito menos reformatações periódicas

Windows tornou-se o padrão na era dos 32 bits
Linux está a caminho de se tornar o padrão na era dos 64 bits

Windows não dá muita margem ao usuário para que este adquira um profundo conhecimento do sistema, e nem o usuário vai conseguir muita vantagem se tentar fazer isso pois o sistema é fechado.
Linux dá total liberdade ao usuário para que este obtenha total conhecimento do sistema de forma a adequá-lo às suas necessidades específicas, podendo modificá-lo à vontade e ir fundo em suas entranhas para ter certeza de que o sistema o obedece 100%.

Windows é desenvolvido por um número limitado de técnicos, em ambiente privado corporativo, na forma de uma empresa privada tradicional do século 20.
Linux e outros Sistemas Operacionais Open-Source (código aberto) é desenvolvido por um número ilimitado de colaboradores, a chamada comunidade global do software livre, apoiada na internet, onde todo e qualquer problema por mais complexo que possa parecer, acaba se transformando num problema trivial, daí o Linux ter menos Bugs, numa forma de produção colaborativa típica do século 21.

Similaridades:

Ambos possuem interface gráfica intuitiva, que, bem configurada e rodando sobre hardware compatível, fornecem usabilidade equivalente para a grande maioria das atividade de informática atuais.

Ambos não são muito simples de serem instalados e configurados por usuários totalmente leigos, mas, considerando que a instalação é menos de 0,3% do tempo que o usuário vai passar diante da máquina, isto não chega a ser problema…